Сердцем Ставропольской православной духовной семинарии является домовый храм в честь святителя Игнатия Брянчанинова, епископа Кавказского и Черноморского. Если на учебных занятиях будущие пастыри Церкви Христовой получают теоретические знания, то в храме – своей главной аудитории – они на практике постигают школу молитвы, утверждают свою веру, познают “как должно поступать в доме Божием” (1 Тим. 3, 15).
Семинарский храм был освящен архиепископом Ставропольским и Бакинским Антонием (Завгородним) в сентябре 1989 года, сразу после строительства нового трехэтажного здания семинарии. В благословение учащимся архиепископ Антоний передал в храм икону святителя Игнатия и старинную святую Плащаницу.
Храм украшен большим количеством икон, в том числе с частицами мощей святых. Особо чтимой святыней храма является икона небесного покровителя семинарии – святителя Игнатия – с частицей его мощей. Многие иконы – дар выпускников: это многолетняя традиция кавказской духовной школы.
В семинарском храме ежедневно читается утреннее и вечернее молитвенное правило для студентов. Каждый четверг в 6.00 совершается Божественная литургия, которую традиционно служат преподаватели в священном сане, а студенты и сотрудники семинарии приобщаются Святых Таин. В стенах домового храма студенты произносят свои первые проповеди.
Для многих выпускников семинарский храм имеет особое значение, так как здесь они получали благословение на брак в таинстве венчания, принимали монашеский постриг, были рукоположены в священный сан.
В 2016 году в связи с празднованием 170-летия Ставропольской духовной семинарии в храме был произведен капитальный ремонт. В канун дня памяти святителя Игнатия Брянчанинова в обновленном храме была совершена первая Божественная литургия, которую возглавил ректор духовной школы митрополит Ставропольский и Невинномысский Кирилл.